Das Meeresschutzgebiet Bay of Islands schützt 144 Inseln und 800 Kilometer Küstenlinie, wo Große Tümmler das ganze Jahr über in Wasser jagen, das in der aufgezeichneten Geschichte nie unter 14 Grad Celsius gefallen ist.
Die vulkanischen Landzungen, die den Hafen von Paihia umrahmen, wurden vor zwei Millionen Jahren durch Eruptionen geformt und hinterließen Basaltsäulen und Meereshöhlen, die heute von öko-zertifizierten Katamaranen befahren werden, welche unter Genehmigungen des Department of Conservation operieren, die Motorenlärm und Annäherungsabstände begrenzen. Das Schutzgebiet wurde 1995 nach jahrzehntelanger Lobbyarbeit von Meeresbiologen offiziell eingerichtet, die Brutpopulationen von Gewöhnlichen Delfinen und Großen Tümmlern dokumentierten, die die geschützten Buchten als Aufzuchtgebiete nutzen.
Paihia wurde 1978 zum wichtigsten Abfahrtspunkt der Bay of Islands, als die ersten kommerziellen Delfinbeobachtungsschiffe von dem, was heute der Kai des Maritime Building ist, ausliefen. Die heutigen Betreiber der Dolphin Eco Cruise Paihia befolgen strenge Vorschriften zum Schutz von Meeressäugern, die vorschreiben, dass Schiffe die Motoren drosseln müssen, wenn sie sich innerhalb von 300 Metern zu Delfinen befinden, und das vorsätzliche Unterbrechen der Wanderrouten von Delfinschulen verbieten. Die Vorschriften wurden 2023 verschärft, nachdem akustische Studien zeigten, dass kumulativer Motorenlärm das Fressverhalten bei ansässigen Delfinschulen stört.
Die Felsformation Hole in the Rock bei Piercy Island markiert die äußere Grenze der meisten Öko-Kreuzfahrten. Der 18 Meter hohe natürliche Torbogen wurde über Jahrtausende durch Welleneinwirkung durch weicheren vulkanischen Tuffstein geformt und schafft eine Passage, die breit genug für Katamarane ist, um sie bei ruhiger See zu durchfahren. Die mündlichen Überlieferungen der Maori verzeichnen den Bogen als Navigationsmarkierung für Waka, die zwischen den äußeren Inseln und dem Festland reisten. Moderne Dolphin Eco Cruise Paihia Touren halten hier an, um die geologischen Kräfte zu erklären, die den Bogen weiterhin um etwa zwei Zentimeter pro Jahrzehnt erweitern. Karten des Twin Coast Cycle Trail zeigen den Bogen von Aussichtspunkten an Land aus, die 14 Kilometer nördlich liegen, obwohl die marine Perspektive die einzige Möglichkeit bleibt, Pelzrobben zu beobachten, die sich auf den von Wellen geformten Plattformen an den Seiten des Eingangs ausruhen.
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