La Bay of Islands ha ottenuto il suo nome Māori Te Pēwhairangi — il luogo del pinguino — molto prima che le navi europee mappassero le sue 144 isole nel 1769.
Il capitano Cook gettò l'ancora in queste acque riparate e registrò branchi di tursiopi che si nutrivano vicino a Motukokako Island, il collo vulcanico ora noto come Piercy Island o Hole in the Rock. Quell'arco naturale marino, scavato da millenni di onde del Pacifico attraverso colonne di basalto, si erge a sessanta metri sopra la linea di galleggiamento e rimane il punto di riferimento distintivo di ogni dolphin tour lanciato da Paihia.
Paihia stessa è emersa come stazione missionaria nel 1823, e il molo di Marsden Road è diventato l'ancora di salvezza commerciale della regione entro il 1840. Oggi quello stesso snodo marittimo fa partire quotidianamente catamarani dotati di idrofoni e biologi marini verso le isole esterne. La popolazione residente di tursiopi conta circa 140 individui, identificabili da tacche dorsali catalogate dal 1997. Nei mesi invernali i delfini comuni migrano attraverso il canale, mentre gli avvistamenti di orche raggiungono il picco nell'estate australe, quando arrivano i branchi di kahawai.
Le forze geologiche che hanno plasmato la Bay of Islands sono iniziate quindici milioni di anni fa, quando bocche vulcaniche hanno perforato il fondale marino, costruendo gli ammassi Cavalli e Ninepin. L'erosione e la subsidenza tettonica hanno sommerso le valli fluviali, rendendo visibile la topografia delle valli sommerse da ogni ponte del catamarano. Gli iwi Ngāpuhi hanno mantenuto campi di pesca stagionali in queste isole per cinque secoli prima del contatto europeo, e diverse isole rimangono tapu — sacre e vietate ai visitatori.
Le moderne crociere per avvistare i delfini operano in base ai permessi del Department of Conservation, che impone distanze di avvicinamento e limiti di tempo vicino ai mammiferi marini. Le barche che lasciano Paihia attraversano il Veronica Channel oltre Moturoa Island, per poi girare a nord-est verso Motukiekie e Cape Brett. Il passaggio di Hole in the Rock misura quindici metri di larghezza al livello del mare, navigabile solo in condizioni di calma quando le onde scendono sotto il metro. I percorsi di ritorno spesso deviano verso Roberton Island, dove una spiaggia a mezzaluna si affaccia su un'ex stazione baleniera attiva fino al 1827. L'intero circuito copre quarantotto miglia nautiche, tracciando linee costiere dove i navigatori polinesiani approdarono per la prima volta ottocento anni fa e dove i naturalisti di Cook abbozzarono le specie endemiche della regione a inchiostro e acquerello.
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