A Bay of Islands ganhou o seu nome Māori Te Pēwhairangi — o lugar do pinguim — muito antes de navios europeus mapearem as suas 144 ilhas em 1769.
O Capitão Cook ancorou nestas águas protegidas e registou grupos de golfinhos-nariz-de-garrafa alimentando-se perto da Motukokako Island, a chaminé vulcânica agora conhecida como Piercy Island ou Hole in the Rock. Esse arco marinho natural, esculpido por milénios de ondulação do Pacífico através de colunas de basalto, eleva-se a sessenta metros acima da linha de água e permanece o marco principal de cada passeio de golfinhos que sai de Paihia.
Hoje, esse mesmo centro marítimo envia diariamente catamarãs equipados com hidrofones e biólogos marinhos para as ilhas exteriores. A população residente de golfinhos-nariz-de-garrafa conta com cerca de 140 indivíduos, identificáveis por marcas dorsais catalogadas desde 1997. Nos meses de inverno, os golfinhos-comuns migram pelo canal, enquanto avistamentos de orcas atingem o pico no verão austral, quando cardumes de kahawai chegam.
As forças geológicas que moldaram a Bay of Islands começaram há quinze milhões de anos, quando aberturas vulcânicas perfuraram o fundo do mar, formando os grupos Cavalli e Ninepin. A erosão e a subsidência tectónica inundaram vales fluviais, deixando visível a topografia de vales submersos a partir de qualquer convés de catamarã. Os iwi Ngāpuhi mantiveram campos de pesca sazonais nestas ilhas durante cinco séculos antes do contacto europeu, e várias ilhas permanecem tapu — sagradas e proibidas a visitantes.
Os cruzeiros modernos de golfinhos operam sob licenças do Departamento de Conservação que impõem distâncias de aproximação e limites de tempo perto de mamíferos marinhos. Os barcos que deixam Paihia percorrem o Veronica Channel, passam pela Moturoa Island e depois seguem para nordeste em direção a Motukiekie e Cape Brett. A passagem pelo Hole in the Rock mede quinze metros de largura ao nível do mar, sendo navegável apenas em condições de calma, quando as ondas estão abaixo de um metro. As rotas de retorno frequentemente desviam para Roberton Island, onde uma praia em forma de meia-lua fica em frente a uma antiga estação baleeira ativa até 1827. O circuito completo cobre quarenta e oito milhas náuticas, traçando linhas costeiras onde navegadores polinésios desembarcaram pela primeira vez há oitocentos anos e onde os naturalistas de Cook desenharam as espécies endémicas da região a tinta e aguarela.
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