Bay of Islands obtuvo su nombre maorí Te Pēwhairangi — el lugar del pingüino — mucho antes de que los barcos europeos cartografiaran sus 144 islas en 1769.
El Capitán Cook ancló en estas aguas protegidas y registró grupos de delfines mulares alimentándose cerca de la isla Motukokako, el tapón volcánico ahora conocido como isla Piercy o el Hole in the Rock. Ese arco marino natural, tallado por milenios de oleaje del Pacífico a través de columnas de basalto, se alza a sesenta metros sobre el nivel del mar y sigue siendo el hito distintivo de cada tour de delfines que sale de Paihia.
Hoy en día, ese mismo centro marítimo despacha diariamente catamaranes con hidrófonos y biólogos marinos hacia las islas exteriores. La población residente de delfines mulares cuenta con unos 140 individuos, identificables por las muescas dorsales catalogadas desde 1997. Los meses de invierno ven a los delfines comunes migrar a través del canal, mientras que los avistamientos de orcas alcanzan su punto máximo en el verano austral, cuando llegan bancos de kahawai.
Las fuerzas geológicas que dieron forma a Bay of Islands comenzaron hace quince millones de años cuando los respiraderos volcánicos perforaron el lecho marino, formando los grupos de islas Cavalli y Ninepin. La erosión y la subsidencia tectónica inundaron los valles fluviales, dejando visible la topografía de valles inundados desde la cubierta de cada catamarán. Los iwi Ngāpuhi mantuvieron campamentos de pesca estacionales en estas islas durante cinco siglos antes del contacto europeo, y varias islas permanecen tapu — sagradas y prohibidas para los visitantes.
Los cruceros modernos de delfines operan bajo permisos del Departamento de Conservación que hacen cumplir las distancias de aproximación y los límites de tiempo cerca de los mamíferos marinos. Los barcos que salen de Paihia atraviesan el canal Veronica pasando la isla Moturoa, luego giran al noreste hacia Motukiekie y el cabo Brett. El pasaje de Hole in the Rock mide quince metros de ancho al nivel del mar, navegable solo en condiciones de calma cuando el oleaje cae por debajo de un metro. Las rutas de regreso a menudo se desvían hacia la isla Roberton, donde una playa en forma de media luna se encuentra frente a una antigua estación ballenera activa hasta 1827. Todo el circuito cubre cuarenta y ocho millas náuticas, recorriendo costas donde los navegantes polinesios aterrizaron por primera vez hace ochocientos años y donde los naturalistas de Cook dibujaron las especies endémicas de la región en tinta y acuarela.
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